Evaluation du réseau de surveillance sanitaire des amphibiens dans les Parcs nationaux de montagne de France métropolitaine

Recommandations structurelles

Repenser le réseau actuel dans le cadre d’un partenariat central entre les PN et le réseau SAGIR de l’OFB. Ce scénario permettrait au réseau de surveillance de bénéficier de l’appui scientifique et technique de SAGIR, ainsi que du réseau de laboratoires partenaires et de personnes ressources, et également de s’appuyer sur la base de données Epifaune2 développée dans le cadre du réseau SAGIR. Ce partenariat permettrait également, à plus long-terme, de pouvoir intégrer facilement d’autres espaces protégés (comme les parcs naturels régionaux) voire des espaces non protégés dans un réseau national de surveillance de la mortalité et des agents pathogènes des amphibiens français. Cependant, ce scénario n’est possible qu’avec un élargissement des prérogatives de SAGIR aux amphibiens, ainsi qu’une adaptation de la base de données Epifaune qui a par ailleurs déjà été envisagée avec un élargissement aux amphibiens de son référentiel taxonomique.

Recommandations fonctionnelles

1) Penser et formaliser les objectifs de surveillance pour, par exemple, inclure l’ensemble des pathogènes et causes de mortalité pertinentes dans le contexte des parcs nationaux (ranavirus, chytrides, toxiques). Ces objectifs sont à définir en adéquation avec des actions de gestion en cas de mortalité détectée.

2) Travailler à une coordination des PN, par exemple par la formalisation d’un groupe de travail inter-Parcs sur les amphibiens.

3) Prévoir des créneaux et interventions d’experts sur les thématiques amphibiens dans les CoPil VS et les conseils scientifiques des PN.

4) Repenser l’organisation centrale avec deux partenaires majeurs : SAGIR (OFB) et les Parcs nationaux. S’appuyer sur le réseau partenaire de SAGIR et les partenaires déjà existants dans le réseau pour composer l’échelon central.

4’) Inclure des partenaires compétents au CST (ENV, pôle EVAAS, C. Miaud, D. Schmeller).

5) Articuler la hiérarchisation des objectifs de surveillance (e.g. espèces à enjeu de conservation ou forte valeur patrimoniale) et l’allocation d’un budget pérenne à la surveillance sanitaire des amphibiens.

6) Prévoir un budget temps des agents de terrain alloué à cette surveillance en accord avec les objectifs. Peut nécessiter le recrutement de nouveaux agents

7) Inclure une phase de réflexion systématique (basée sur la présentation clinique, la situation de chaque parc et l’anatomopathologie) pour décider des analyses à mener pour chaque mortalité, afin de ne pas exclure des causes possibles tout en limitant les frais d’analyse.

8) Diagnostic (PCR, anatomopathologie et histologie) par les laboratoires compétents du réseau partenaire de SAGIR.

8’) Formation de nouveaux laboratoires partenaires aux techniques utilisées si nécessaire.

9) Inclure des ENV et UMR (e.g. équipe de C. Miaud au CEFE, équipe de D. Schmeller à l’ENSAT) pour aider à l’investigation et au typage. Ainsi que pour des questions de recherche en lien avec le laboratoire.

10) Développer et utiliser des fiches de recueil d’information et des protocoles standardisés (nécessite un travail inter-Parcs).

Les outils et protocoles gagneraient à être simples d’usage, formalisés et à nécessiter peu ou pas de temps agent supplémentaire. Dans la mesure du possible, mutualiser les outils avec les autres missions des agents.

11) Repenser la nature des prélèvements et techniques de conservation pour permettre la recherche de toutes causes de mortalité

12) Les différentes actions de veille écologique (suivi démographique, CMR, …) pourraient être standardisées et valorisées pour la surveillance sanitaire.

Il est important qu’elles ne contribuent pas à la dispersion d’agents pathogènes.

13) Revoir et standardiser, en inter-Parcs, les modalités de surveillance et les définitions de cas. Une adaptation des protocoles de surveillance au mode vie des urodèles (peu de regroupement) est recommandée (il serait, par exemple, utile pour ces espèces d’inclure les mortalités individuelles aux cas).

14) Déterminer et/ou utiliser une hiérarchisation des espèces (selon les objectifs : espèces abondantes, ou à enjeu de conservation, ou avec une forte valeur patrimoniale) pour adapter et améliorer leur surveillance sanitaire (en cours)

15) Inclure une surveillance ADN environnemental des sites événements connus de mortalité liés à des agents pathogènes, pour suivre la possible évolution spatio-temporelle de ces derniers en limitant les coûts.

16) Inclure une surveillance des espèces non-amphibiens sensibles aux agents pathogènes considérés (poissons et reptiles pour les ranavirus).

17) Généraliser l’utilisation d’Epifaune pour gérer les données.

18) Exploiter les données issues de la surveillance en accord avec les objectifs fixés, de façon régulière et standardisée. Cela nécessiterait le recrutement ou la formation d’un(e) (groupe de) personne(s) compétente(s) en épidémiologie et gestion des données sanitaires.

19) Créer et utiliser un support de formation initiale (forme libre) unique et complet pour la formation initiale systématique de tous les agents lors de leur entrée dans le réseau. Ce support pourrait être développé par le CST (ou une personne compétente externe), en partenariat avec l’OFB, et comprendre une explicitation des techniques du protocole, des connaissances sur les agents pathogènes et toxiques, une formation sur les bonnes pratiques de biosécurité…

19’) Le support de formation serait à actualiser régulièrement (tous les 1-2 ans).

20) Développer des supports et des créneaux de formation continue (par exemple une actualisation à chaque mise à jour de la formation initiale).

21) Faciliter la communication inter-Parcs et formaliser des créneaux de communication (horizontale et verticale). Cela doit tenir compte des contraintes humaines du réseau et du faible temps agent disponible.

22) Faire parvenir des résultats individuels aux agents de terrain, dans un délai court (pas seulement lors des bilans annuels).

23) Standardiser la politique et les supports de communication externe, ainsi que les actions à destination des usagers des parcs (public, pêcheurs, chercheurs).

24) Suivre et évaluer la surveillance en interne à l’aide d’indicateurs de performances simples et efficaces, par exemple :

1. - Taux annuel de résultats fournis dans les délais compatibles avec les objectifs de surveillance et de gestion (1 mois post échantillonnage)

- Largeur de l’intervalle de confiance à 95% de la présence d’agents pathogènes sur les populations à enjeu (surveillance programmée)

- Comparaison du nombre de mortalités observées par espèce avec la démographie des populations locales – observée ou estimée- (surveillance évènementielle)

25) Reconduire une évaluation externe dans 5 ans.

Recommandations annexes (généralisation de pratiques locales)

A) Utiliser la base de données Epifaune et les fiches commémoratives associées pour la gestion de leurs données « amphibiens », ces éléments étant ceux utilisés par le Parc pour la surveillance des autres taxons. Bien qu’actuellement cette gestion soit compliquée par des saisies multiples sur d’autres supports et qu’Epifaune, dans sa version actuelle, ne soit pas prévue pour inclure les amphibiens, cette démarche constitue une piste d’amélioration nationale, à brève échéance, dans un contexte de moyens humains, financiers et de temps limités ;

B)Mettre en place une surveillance programmée dans le cadre des suivis de lacs « référents ». Cette modalité de surveillance peut constituer à l’échelle nationale une méthode adaptée pour le suivi de lacs avec des populations d’amphibiens à enjeu de conservation, ou avec une forte densité de population d’amphibiens. Cela peut être couplé avec l’utilisation de techniques non invasives, comme l’analyse de l’ADN environnemental (ADNe), pour rechercher la présence d’agents pathogènes dans les eaux et sédiments, permettant ainsi de « cartographier » les lacs infectés en limitant la détection et les prélèvements des individus ;

C) Adapter la surveillance aux populations à enjeu de conservation et aux populations d’urodèles en considérant tous les événements de mortalité, même individuels. En effet, les sous-populations à enjeu de conservation sont généralement en effectifs restreints et un épisode de « mortalité massive anormale » peut signifier la disparition de la population. Concernant les urodèles, la surveillance de mortalités de groupe n’est pas adaptée à l’écologie de ces populations et ne permet pas de répondre aux objectifs de surveillance ;

D) Mettre en place d’une surveillance renforcée à la suite de la détection d’un cas de mortalité massive  constitue une modalité de surveillance importante pour répondre aux objectifs du réseau et pour assurer une gestion complète en cas d’épizootie affectant les populations d’amphibiens dans une zone donnée du territoire ;

E) En complément de la surveillance sanitaire, un suivi démographique des populations, peut fournir des indicateurs indirects de mortalité (laquelle pourrait ne pas être détectée par les protocoles de surveillance sanitaire, lors de processus chroniques n’induisant pas de mortalité massive). Ce suivi constitue de plus une base de comparaison pour évaluer le fonctionnement interne du réseau à l’aide d’un indicateur de performance tel que présenté dans les recommandations. Toutefois un tel suivi démographique ne doit pas remplacer complètement une surveillance sanitaire, et doit être encadré par des protocoles stricts et des mesures de biosécurité standardisées pour ne pas participer à la dissémination d’agents pathogènes.